北大医院还有力地配合国家和北京市的疫情防控工作。卫生部流感3名专家组成员都是北大医院的感染疾病防控骨干，尤其是“五一”期间，感染疾病科徐小元教授作为卫生部甲型H1N1流感专家组组长主持编写了上述一系列卫生部相关技术文件。北大医院专家至今已参加部级会诊6次，包括5月10日呼吸内科王广发主任飞赴四川参加我国首例确诊病例的会诊和防控指导工作。同时，北大医院及时组织感染管理专业、急诊专业、呼吸专业和重症医学专业等共6名专家、3名护士承担市级流感救治专家组会诊任务和流感预备医疗队工作任务。5月18日起，北大医院还承担北京市流感样病例甲型流感病毒检测网络实验室工作任务，负责丰台区、石景山区的流感样病例病毒样本每日10份的筛查工作。

    5月14日晚8时，一名18岁女性患者因发热、咽痛来北大医院发热门诊就诊。该患者在美国纽约州某大学学习，11日乘飞机回国，13日出现发热、咽痛等流感症状。正是由于领导重视，组织严密，防控措施到位，医务人员训练有素，北大医院发热门诊经流学病学史、流感症状认真排查，诊断为疑似甲型H1N1流感患者，按照规定流程上报西城区疾控中心，经现场流调、取样，于凌晨2时将患者转至地坛医院，患者母亲在北大医院发热门诊医学观察。16日，患者被确诊为北京市首例、我国第三例输入性甲型H1N1流感病例，其母也转往地坛医院继续接受医学观察。经北京市疾控中心流调确认，北大医院医务人员标准防护措施到位，不需进行隔离。目前两位密切接触者均无流感症状。